All modules for which code is available
- omics_pipe.modules.BreastCancer_RNA_report
- omics_pipe.modules.ChIP_trim
- omics_pipe.modules.GATK_preprocessing_WES
- omics_pipe.modules.GATK_preprocessing_WGS
- omics_pipe.modules.GATK_variant_discovery
- omics_pipe.modules.GATK_variant_filtering
- omics_pipe.modules.RNAseq_QC
- omics_pipe.modules.RNAseq_report
- omics_pipe.modules.RNAseq_report_counts
- omics_pipe.modules.RNAseq_report_tuxedo
- omics_pipe.modules.TCGA_download
- omics_pipe.modules.annotate_peaks
- omics_pipe.modules.annotate_variants
- omics_pipe.modules.bowtie
- omics_pipe.modules.bwa
- omics_pipe.modules.call_variants
- omics_pipe.modules.cuffdiff
- omics_pipe.modules.cuffdiff_miRNA
- omics_pipe.modules.cufflinks
- omics_pipe.modules.cufflinks_miRNA
- omics_pipe.modules.cufflinks_ncRNA
- omics_pipe.modules.cuffmerge
- omics_pipe.modules.cuffmerge_miRNA
- omics_pipe.modules.cuffmergetocompare
- omics_pipe.modules.cuffmergetocompare_miRNA
- omics_pipe.modules.custom_R_report
- omics_pipe.modules.cutadapt_miRNA
- omics_pipe.modules.fastq_length_filter_miRNA
- omics_pipe.modules.fastqc
- omics_pipe.modules.fastqc_miRNA
- omics_pipe.modules.filter_variants
- omics_pipe.modules.find_motifs
- omics_pipe.modules.fusion_catcher
- omics_pipe.modules.homer_peaks
- omics_pipe.modules.htseq
- omics_pipe.modules.htseq_gencode
- omics_pipe.modules.htseq_miRNA
- omics_pipe.modules.intogen
- omics_pipe.modules.macs
- omics_pipe.modules.mutect
- omics_pipe.modules.peak_track
- omics_pipe.modules.picard_mark_duplicates
- omics_pipe.modules.read_density
- omics_pipe.modules.rseqc
- omics_pipe.modules.snpir_variants
- omics_pipe.modules.star
- omics_pipe.modules.star_piRNA
- omics_pipe.modules.tophat
- omics_pipe.modules.tophat_miRNA
- omics_pipe.modules.tophat_ncRNA